Sebuah lembaga yang baik tentunya harus memiliki Visi dan Misi yang baik dan visioner kedepan. MAN 3 Hjaarta Pusat Terus meembenahi diri dan mengupdate visi dan misinya sesuai dengan Visi dan Misi Kanwil Kemenag Provinsi DKI Jakarta.

Visi MAN 3 Jakarta Pusat adalah Terwujudnya Pendidikan Moderat Untuk Menciptakan Generasi yang Saleh, Cerdas dan Unggul. Misi MAn 3 Jakarta Pusat adalah

1. Menanamkan nilai-nilai moderasi beragama dalam setiap layanan pendidikan
2. Menanamkan sikap moderasi beragama pada seluruh civitas akademik madrasah
3. Meningkatkan pemahaman dan pengalaman dalam penerapan ajaran agama Islam
4. Melaksanakan program pembelajaran dan pembinaan yang inovatif dan efektif.
5. Meningkatkan kualitas kompetensi dan karakterisktik peserta didik.
6. Menumbuhkembangkan bakat dan minat peserta didik berbasis kebutuhan berorentasi prestasi
7. Menyiapkan generasi unggul bermental juara
8. Menyelenggarakan pembelajaran berbasis riset

Pimpinan mempunyai peranan penting dalam mewujudkan Visi dan Misi tersebut, Ia hadir sebagai pemimpin yang mengayomi dan memberikan teladan dengan kemampuan managerial yang mumpuni. Beliau harus mampu menjadi perekat erat seluruh GTK di Madrasah dan mampu menggerakkan seluruh komponen SDM di Madrasah sehingga bergerak seiring dan sejalan menempuh segala tantangan dan hambatan guna mencapai tujuan besar seusia Visi dan Misi yang ada.

Untuk mencapai tujuan tersebut maka seorang Kepala Madrasah di dukung oleh tim yang solid yaitu jajaran Wakil Kepala Madrasah bersama seluruh Stafnya. dan pada akhirnya seluruh Citivas Academika MAN 3 Jakarta Pusat menjadi penentu keberhasilan mencapai tujuan tersebut.